Ciao...
Dipende da quanto tempo hai a disposizione, ovviamente.
Tokyo va sicuramente vista. E' una città unica nel suo genere, organizzata in 23 "quartieri" uno diverso dall'altro... E' una città relativamente nuova, dal momento che il superterremoto del 1929 spazzò via la vecchia città e dovettero ricostruirla quasi interamente. Non c'è quasi nulla di "pregevole" dal punto di vista achitettonico, se escludiamo la residenza imperiale, che, ovviamente, si può vedere solo da fuori.
Ma ciò che è bello di tokyo (per un occidentale) è la vita stessa della città. I supercentri tecnologici di Akihabara, il Parco di Ueno, la vita notturna di Shibuya e Shinjuku, l'attività frenetica della Ginza... oltre ovviamente agli splendidi musei che si possono visitare e... alla torre di Tokyo! In pratica una tour eiffel più piccola
Da lì, è d'obbligo una visita nella zona templare di Nikko, con una bella scarpinata lungo gli scaloni che risalgono la collina, unendo i vari templi shintoisti.
L'autunno tra l'altro è un periodo magico per quella zona, visto che è immersa in una foresta di aceri rossi....
Poi... da vedere sicuramente è Kyoto, nella regione del Kansai. Kyoto è antica ed armoniosa, con spelndidi templi e giardini che ti riportano davvero nell'atmosfera dell'antico Giappone...
Poi, che dire... se avete un po' di tempo e volete farvi un po' di mare ottobre è ancora uno spelndido periodo per visitare Okinawa...
Per quanto riguarda il fai da te, direi che al giorno d'oggi non ci sono problemi. In rete si trova di tutto e di più. Per quanto riguarda Tokyo consiglio di trovarvi un alberghetto nella zona di bunkyo, tipo a Yushima o a Ueno. I prezzi sono decisamente accessibili, la pulizia è impeccabile e gli albergatori, poco abituati al turismo occidentale, faranno di tutto per accogliervi al meglio ed aiutarvi. Ovviamente in giapponese stretto.
I trasporti invece sono costosi (non prendete il leggendaario treno shinkansen, costa più di un viaggio aereo) e ancora più costoso è il cibo.
Le macchine a noleggio e la benzina invece sono economiche, ma attenzione che la guida è a sinistra ed il traffico in molte zone è tosto.
Per quanto riguarda Tokyo poi, trovare un parcheggio è 10 volte più difficile che trovarlo al centro di Milano. E non sto esagerando.